Problemet upptäcktes vid 06-tiden och det finns i nuläget ingen prognos för när det kan vara åtgärdat.
Initialt kunde inga tåg köra norrut förbi Odenplan.
Enligt SVT kan kylan försvåra arbetet med att laga rälsen.
Uppdatering: Trafikverket har vid 07.45 släppt på tågen igen, men det kommer vara förseningar.
Det finns fortfarande ingen prognos för när felet kan vara löst och enligt SL dras pendeltågen med förseningar på upp till 10 minuter.