Nu har jakten på muterade coronavirus tagits upp på allvar i Region Stockholm. Tio procent av alla PCR-tester som är positiva ska sekvenseras, alltså få hela virusets arvsmassa kartlagd.
Detta för att få koll på vilka mutationer som är i omlopp. De flesta är inga överraskningar, men vissa undantag finns:
– Det har dykt upp varianter som har ökad spridningsförmåga, eller där immunitet och vaccin inte tycks ge samma skydd, säger Jan Albert, professor i smittskydd vid Karolinska institutet.
Ökar
En av dem kommer från Storbritannien, och är extra smittsam.
– Omkring tio procent av de prover som analyseras består av den brittiska varianten, och andelen är på väg upp. Men den ser inte ut att orsaka allvarligare sjukdom, eller orsaka att vaccinet skulle fungera sämre.
Alla virus muterar
Att virus muterar är deras sätt att överleva, och det ligger i sakens natur att de mutationer som är mest smittsamma är mest framgångsrika. Virus som inte lyckas ta sig in i våra celler och föröka sig har ingen framtid.
Å andra sidan gräver de sin egen grav om de är för effektiva, så att de som infekterats dör.
Lurar vaccinet
Hos dem som varit infekterade och utvecklat antikroppar, och de som vaccinerats, har viruset dock inget att hämta.
Eller? Fungerar vaccinet sämre på muterade virus? Och de som återinfekteras, har de råkat ut för en mutation?
– Vissa muterade virus kan komma runt vaccin. Det är som med influensan, det finns olika varianter, och vaccinen kommer att behöva anpassas vartefter. När det gäller det fåtal som har återinfekterats ser det inte ut som att det är muterade virus som är orsaken, men det kommer säkert att dyka upp sådana fall, säger Jan Albert.
Slumpmässig prover
Hittills har några hundra prover sekvenserats och rapporterats in till Folkhälsomyndigheten. Målet är 500 prover i veckan.
Det är Karolinska universitetslaboratoriet som samordnar rapporteringen. Själva sekvenseringen görs vid tre andra laboratorier.
De positiva PCR-tester som skickas in är slumpmässigt utvalda från provtagningsställen i Stockholm och på Gotland. Förutom dem sekvenseras prover från utrikesresenärer, som de som nu testas på Arlanda.
https://www.mitti.se/nyheter/alla-som-kommer-till-arlanda-covid-testas/repubs!rhHympTUWkqXmwVJniRmA/
Fortfarande är det den spanska virusvarianten som dominerar. Enstaka fall av den sydafrikanska mutationen har också dykt upp.
Ökad smittspridning
Den senare är mer smittsam, och tidigare infektion och vaccin tycks inte ge lika bra skydd.
– Men när det gäller immunitet är det inte på eller av, utan det handlar om gradskillnader, säger Jan Albert.
Är det muterade virus som ligger bakom att smittspridningen ökar igen?
– Det är jättesvårt att säga. Det kan bidra, men jag bedömer att det är hur vi beter oss som är den största orsaken.