Olyckan inträffade vid Årstabergs station under eftermiddagen.
Räddningstjänsten uppger att man jobbar på platsen tillsammans med sjukvården.
– Pendeltågen vänder vid Stockholms city och Älvsjö, säger SL:s presstalesperson Natalie Nordenswan.
Stoppet har pågått sedan klockan 16 och tågtrafiken väntas komma i gång runt klockan 18.
Under tiden uppmanas resenärer att hitta andra resvägar.
Tågstoppet påverkar även fjärrtågen till bland annat Malmö och Göteborg.
Uppdatering: Stoppet hävdes 17.45.