Problemet upptäcktes under morgonen och drabbade främst personer som ville blippa sitt bankkort eller fysiska SL-kort.
– Vi har öppnat spärrarna på stationer där det blivit krångel. Jag har ingen lista på vilka stationer som berörs men jag vet att till exempel Fridhemsplan och S:t Eriksplan drabbats, sade SL:s presschef Andreas Strömberg vid 09-tiden.
Även SL:s bussar var drabbade av problemet.
Biljetter i SL-appen ska inte ha varit påverkade.
SL:s it-avdelning jobbar med felsökning och än så länge finns det inget som tyder på att det handlar om en hackerattack.
Vid 10-tiden på tisdagsförmiddagen meddelar SL att de hittat en lösning.
– Nu funkar det att blippa, säger Elin Lindström på SL:s pressavdelning.