Problemen uppstod vid 06-tiden.
Vittnen uppgav för P4 Stockholm att det är väldigt långa köer på flygplatsen.
Resenärer uppmanades att följa personalens instruktioner för att ta sig till flygen på annat sätt.
– Vi hänvisar resenärer till den andra säkerhetskontrollen i Terminal 5 och den i Terminal 4. Men det tar tyvärr längre tid, säger Swedavias pressansvarige Peter Wärring.
”Ingen nulägesprognos”
Vad problemet beror på är oklart och enligt Swedavia fanns det ingen prognos för när säkerhetskontrollen skulle öppna igen.
Strax efter 09 uppgav Swedavia att problemen kvarstår.
– Vi har ingen nulägesprognos men vi felsöker för fullt.
Peter Wärring kan inte svara på om resenärer missat sina avgångar på grund av strulet. Han uppmanar de som ska resa från Terminal 5 att kontakta sitt flygbolag för information om specifika flighter.
Uppdatering klockan 10.45: Swedavia skriver på sin hemsida att den stora säkerhetskontrollen i Terminal 5 nu är öppen igen.
Vad som orsakat störningen kommer att utredas.
– Jag vill inte spekulera i vad det berott på, men det handlar inte om extern påverkan, säger Peter Wärring.
Texten uppdateras...